All'inizio della terza stagione Blair e Chuck sono sempre più innamorati, ma dediti ad un gioco passionale davvero assurdo: Chuck, sotto consiglio della fidanzata, sceglie giovani donne belle ed in carriera da portarsi a casa per permettere a Blair di beccarlo e fare una scenata alla malcapitata, umiliandola.
Nel frattempo Serena, confusa sul suo futuro, decide di non andare alla Brown e si rifugia a casa del fratellastro. Chuck, però, la caccia poiché ha mandato a monte un importante affare che avrebbe reso celebre Chuck. Intanto il rapporto tra Blair e Chuck sembra minacciato da un'asta di beneficenza, durante la quale vogliono entrambi comprare lo stesso scatto fotografico. Arriva anche il primo giorno di college e Blair vuole diventare la nuova regina della NYU, ma i suoi primi tentativi danno scarsi risultati, così decide di tornare alla Constance per controllare l'operato della nuova regina. Chuck, però, si allea con Jenny e convince Blair a tornare alla NYU, che aveva momentaneamente abbandonato perché non ricopriva una posizione di rilievo. Fatta la pace con Blair, Chuck decide di liquidare il patrimonio azionario delle Bass Industries, ed acquista un hotel, l'Empire, dando il via alla sua vera carriera di uomo d'affari mettendosi in proprio.
Chuck intanto viene a sapere che Bree (la ragazza con cui si frequenta Nate) sta cercando di rintracciare Carter (suo acerrimo nemico), e comincia ad aiutarla, nonostante Blair non sopporti la ragazza. Due bodyguard di Bree rintracciano finalmente Carter, e la ragazza svela a Nate che l'ha usato solo per arrivare a Carter, che non potranno mai stare insieme perché le loro famiglie si odiano.
Josh Elliot, il rappresentante degli ex alievi, deve decidere chi fra le matricole della NYU terrà il brindisi: Vanessa o Olivia (la ragazza di Dan, nonché star di Hollywood). Vanessa fa in modo che Olivia rifiuti l'invito, dicendole che i genitori di Dan non approvano le star di Hollywood. Ma anche Blair vuole tenere quel brindisi e così chiede a Chuck di flirtare con Josh Elliot che spera di poter ricattare. Chuck scopre di essere stato manipolato dalla sua ragazza, poiché Vanessa fa in modo che Blair lo ammetta davanti a lui, che ferito se ne va. Il giorno dopo Blair chiede perdono a Chuck, che non vuole parlarle. Chuck e Blair sembrano essere tornati insieme, anche se lui è ancora turbato e così decide di aprire il suo club all'insaputa di Blair e cerca aiuto dalla sorellastra Serena per far in modo che tutti accorrano a questo evento. Sfortunatamente Blair ascolta la conversazione dove Chuck sottolinea che lei non deve sapere e intromettersi in tutto ciò. Intanto a Chuck serve la licenza per gli alcolici ma nessuno è pronto a dargliela. Qui interviene Blair, che ricatta Jack Bass per la licenza. Ciò farà infuriare Chuck, che non inviterà Blair all'inaugurazione. Questa separazione non dura molto, infatti Blair, grazie ad un biglietto, scopre che la licenza di Jack Bass è falsa e così lei e Chuck chiamano la polizia per farsi pubblicità con un intervento pubblico delle forze dell'ordine, dato il numero d personaggi famosi presenti. Blair e Serena litigano per un malinteso, mentre Chuck ha un nuovo scopo per il club, ciòè renderlo clandestino e riservato solo a chi possiede la chiave.
Chuck intanto cerca di far riappacificare Serena e Blair, chiudendole in un ascensore. Le due ragazze fanno pace. Per fare un favore a Chuck, Jenny accetta di uscire con Damien, il figlio di un ambasciatore che ha alloggiato nell'hotel di Chuck, ma l'esperienza si rivela molto più intrigante di quanto si aspettasse. Damien, infatti, è uno spacciatore di droga e coinvolge Jenny, una sera, in un incontro con un suo cliente. Chuck interviene e porta Jenny via con sé.
Nel primo anniversario della morte del padre Bart Bass, Chuck è in trattativa per acquistare uno stabile, nonostante questo comporterebbe lo sfratto di molte persone. Blair tenta di farlo ragionare, ma lui, cominciando ad avere delle visioni di Bart, la allontana da sè. Tuttavia, l'incidente stradale di Serena gli permette di capire, in ospedale, che la sua debolezza è stata il non affrontare la morte del padre standogli accanto negli ultimi istanti di vita, e si riappacifica con la fidanzata. Decide allora di far visita alla tomba di suo padre, e vi trova piangente una donna che, riconoscendolo, fugge.
Una volta raggiunta la tomba del padre trova un ciondolo in oro contenente la foto di quest'ultimo da giovane e un mazzo di fiori, proprio i suoi preferiti. Decide, allora (senza dire nulla a Blair e tantomeno agli altri amici) di indagare su questa misteriosa donna e molti dubbi sulla madre vengono a galla. È davvero morta, come il padre gli aveva fatto credere? Grazie all'aiuto del gioielliere a cui la donna si era rivolta da poco per via del ciondolo, Chuck riesce a risalire all'indirizzo di quest'ultima, la quale soggiorna in un hotel proprio a New York. Riesce ad avere un appuntamento con lei e, una volta incontratala (questa volta anche con Blair) le chiede spiegazioni. La donna dice di non sapere nulla e di essere solo una delle tante fidanzate occasionali di Bart ma Blair non le crede e dopo che Chuck ha abbandonato il locale chiede alla donna di essere sincera con il ragazzo. Nemmeno Chuck, però, si arrende poiché vuole sapere la verità sulla sua vera madre e decide di intrufolarsi nella camera d'albergo di questa misteriosa donna che si fa chiamare Elizabeth. Dopo aver cercato in tutta la stanza trova, infagottato in un panno bianco, la parte mancante del medaglione dove vi è la foto della donna e di un bambino appena nato. Non ha più dubbi. Quella donna è sua madre, non si chiama Elizabeth bensì Evelyn. Torna a casa dove trova Blair, Serena e Nate e racconta loro il ritrovamento del ciondolo e dice loro, sbalordendoli, che non ha nessuna intenzione di andare a parlare alla donna e di rivederla. Serena e Nate, però, decidono di organizzare un incontro tra Chuck e la madre, portando il ragazzo e Blair a cena fuori. Quando Chuck vede la donna s'infuria con gli amici ma poi cede e va da lei. Senza nemmeno darle il tempo di parlare le fa un ricco assegno, le chiede di lasciare New York e di non farsi più rivedere. La donna, titubante, accetta l'assegno e se ne va. Serena, però, riesce a trovarla prima che lasci la città, le chiede di raccontarle la storia sulla nascita di Chuck e di non andarsene poiché malgrado Chuck attui comportamenti così burberi, in fondo, ha bisogno di lei. Evelyn racconta quindi la sua storia a Serena, la quale non se l'aspettava affatto così. La donna le racconta che lei e Bart avevano deciso di dare in adozione Chuck, poiché lei, al momento del parto era molto giovane. L'uomo, però, una volta visto il figlio aveva deciso di tenerlo con sé e aveva chiesto ad Evelyn di sposarlo ma lei aveva rifiutato e se ne era andata, concordando con Bart, però, di dire al figlio che era morta durante il parto. Bart ogni mese, però, le aveva sempre passato dei soldi per far sì che lei mantenesse il silenzio, anche se non c'era bisogno poiché lei non aveva mai avuto alcuna intenzione di tornare. Intanto Chuck, una volta tornato a casa con Blair, confessa alla ragazza che l'assegno che aveva firmato alla madre era solo una prova per vedere se l'avrebbe accettato e che aveva desiderato che lei non l'avesse accettato. Il telefono squilla e a Chuck viene detto che Elizabeth (in realtà, Evelyn) è nell'atrio che desidera parlare con lui. Chuck allora raggiunge la donna, la quale gli racconta la storia che aveva raccontato a Serena e gli ridà l'assegno che lui stesso le aveva consegnato perché se ne andasse. Chuck, allora, decide di darle una possibilità.
Quando Chuck e sua madre hanno ormai legato, alcune voci diffuse da suo zio Jack, che è tornato in città, mettono a rischio il futuro dell'Empire Hotel. Così Chuck, per evitare che l'albergo fallisca, è costretto ad intestare l'hotel a qualcun altro, che abbia una buona reputazione e che gestisca nominalmente la sua società, mentre in realtà è ancora lui a prendere le decisioni. Dopo alcuni dubbi, decide di affidare l'albergo proprio nelle mani di Elizabeth, provandole la sua fiducia.
Ma la madre di Chuck non è la donna che lui si aspettava. Da sempre innamorata di Jack, Elizabeth intesta a sua volta l'hotel allo zio di Chuck, che se ne appriopria immediatamente, cacciando il nipote.
Ora che Chuck ha perso il suo albergo però è disposto a tutto pur di riaverlo, addirittura a rischiare la sua storia con Blair. Jack infatti rivela al nipote che l'unico modo in cui potrà riavere il suo albergo sarà dargli ciò che ha di più prezioso, ovvero una notte intera con Blair. Chuck apparentemente rifiuta, ma in realtà accetta e, senza dirle del patto stretto con lo zio, fa in modo che Blair vada da sola da Jack pensando di sacrificarsi per il suo Chuck. Così Blair fa firmare a Jack il contratto che reintesta a Chuck l'Empire, ma poi Jack le rivela il piano di Chuck e, vedendo quanto sia ferita, la lascia andare, senza esigere nulla da lei. Uscendo dall'albergo incontra Chuck e lo lascia.
Nelle settimane seguenti Blair capisce che Chuck non è il solo in torto, ma anche che la loro storia tira fuori il peggio di entrambi e che non riescono a fare a meno di ferirsi a vicenda, allontanandosi sempre di più da Chuck, che intanto è sprofondato di nuovo nel suo regno di follia, sesso e alcol.
In seguito Blair scopre di essere stata ammessa alla Columbia grazie a una domanda d'iscrizione spedita a suo nome da Chuck quando stavano insieme, perché il ragazzo credeva che la NYU fosse una scelta di ripiego, e che Blair meritasse il meglio, ovvero l'Ivy League.
Qualche tempo dopo, mentre insieme a Jenny, Nate e Dan organizzano un piano per sbarazzarsi del padre di Serena, Chuck e Blair, nonostante lei stia uscendo con un altro ragazzo, Cameron, si accorgono di provare ancora qualcosa l'uno per l'altra, anche se lei non vuole ammetterlo. Così Chuck le dà un ultimatum: l'avrebbe aspettata il giorno seguente in cima all'Empire State Building (come nel film "Un amore splendido", con Cary Grant), ma che se non si fosse presentata entro le 19.00 lui le avrebbe chiuso il suo cuore per sempre.
Il giorno seguente Chuck si prepara e va in cima al grattacielo, ma Blair sostiene di non voler andare e si tiene il più lontano possibile dall'Empire State Building. In ogni posto in cui va però non riesce a smettere di pensare a Chuck, così alla fine capisce che è con lui che vorrebbe essere. Proprio mentre Blair sta salendo in macchina per andare da Chuck, a Dorota si rompono le acque e Blair e Dan la portano subito in ospedale.
Quando finalmente Blair arriva in cima all'Empire State, le 19 sono passate da un pezzo, e Chuck non c'è più.
Convinto che Blair non lo amasse più infatti Chuck è tornato in albergo. Dopo un po' lo raggiunge Jenny, ancora più disperata di lui, in cerca di Nate, che però non c'è. I due bevono qualcosa insieme e poi finiscono per "consolarsi a vicenda" andando a letto insieme. Blair arriva all'Empire, cercando Chuck, e mentre Jenny è ancora in camera da letto, i due si riconciliano, e Jenny sgattaiola fuori.
In ospedale però Jenny confida a Eric cosa lei e Chuck hanno fatto e Eric, preoccupato per lei, va subito a cercare Dan.
Intanto Chuck e Blair sono fuori dall'ospedale in cui è ricoverata Dorota, ma proprio nel momento in cui Chuck sta per chiedere a Blair di sposarlo, arriva Dan, che lo colpisce, e Jenny. Blair, appena capisce cosa è successo, intima a Jenny di andarsene per sempre:se dovesse mai tornare,la distruggerebbe.Inoltre abbandona Chuck,dicendogli di non parlarle mai più e non ascoltando le sue spiegazioni.
Una settimana dopo, mentre Blair e Serena stanno partendo per Parigi, Chuck è a Praga, a cercare di soffocare il suo dolore. Uscendo da un bar in un brutto quartiere, due uomini lo bloccano in un vicolo e iniziano a vuotargli le tasche in cerca di oggetto da valore o denaro.
Chuck gli dice di prendere tutti i soldi che vogliono, e di lasciarlo andare, e lascia che gli frughino addosso. Quando però uno dei due tira fuori da una tasca la scatolina dell'anello di fidanzamento che Chuck aveva comprato per Blair, il ragazzo inizia ad agitarsi e cerca di riprenderla, urlando di prendere i soldi ma di lasciargli la scatola, ma uno dei due gli spara, per poi prendere l'anello e andarsene con il suo compagno, lasciando Chuck, apparentemente esanime, a terra nel vicolo. In realtà il ragazzo è stato ferito e non morirà.
C’è qualcuno di cui ti piacerebbe emulare la carriera?